凌云翼不是要全面反对王崇古，他是要清除积弊，让官厂更好的发展，这份奏疏很长很长，在奏疏的开篇，凌云翼肯定了王崇古的贡献。
万历初元，国势凋敝，天下有危亡之象，文成公仰承圣谟，荷剪河山，兴百工以实仓廪，创官厂而利民生，栉风沐雨，十有又六载，肇基新政大业，厂舍鳞次，学堂弦诵，药局施仁，水厂惠民，皆圣君洪福所庇，亦文成公夙夜匪懈之功也。
仁厚为怀，视匠如亲的人情管理方式，更是‘筚路初创，维系人心之良方，褴褛启业，兴工利民之砥柱。’
而凌云翼认为，出现问题的原因也很简单：
法久则弊生，情滥则纲弛，昔日凝聚启业之良药，今日宿弊沉疴之根由，人情过炽则流弊滋蔓，仁厚过重则纲纪疏驰。
官厂的问题主要为三弊：
冗员如附骨，虚耗公帑，坐蠧蚀柱，虚糜国财之弊一；
法例成具文，纲纪荡然，威令不行，法例空悬之弊二；
奸猾总得计，勤恳蒙尘，是非颠倒，唯利是图之弊三。
这官厂三弊，最终造成了‘越老实越吃亏，不占公家便宜就是亏’的共识，这种共识蔓延下去，并且不加改正，必然导致：
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